提起菌肥，目前市面上分为生物有机肥、复合微生物、微生物菌剂这三种肥料，论其共同特点，那就是里面都含有效活菌，这种菌能分解土壤当中对农作物有利的营养成分。

(1) 提高土壤肥力。这是生物肥料的主要功效，增加土壤中的氮含量，使其中难溶的磷、钾有效化。

(2) 制造和协助农作物吸收营养。由于微生物的活动，不仅能增加土壤有效养分，还能产生多种激素类物质和各种维生素。

(3) 增强植物的抗逆性。有些生物肥料的菌种接种后，由于在作物根部大量生长繁殖，成为作物根际的优势菌，它们可分泌抗真菌和细菌的抗生素，从而抵抗多种病菌的生长。