对于已经施用化肥多年的田地，施用生物菌肥的同时也要注意化肥和有机肥的施用，两者不能完全减少，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代化肥不能一下子适应。因此，取代量应该做到60%、40%、30%依次递减，但是磷、钾肥只能补足，不能减少。

还应该注意菌剂不能与药肥混用，混用的话很容易杀死生物菌，微生物菌剂对于菌的含量是有要求的，农业部颁发的农肥登记证对于有效活菌数的最低含量都有明确的规定，办证企业的农肥登记证上也会标明，办证时农业农村部肥料登记评审委员会秘书处核验申请人提交的肥料样品，申请资料齐全符合法定形式且肥料样品符合要求的予以受理，菌根据天气的不同都有一定的存活率，所以对于样品的要求是很高的。

 农业农村部肥料登记评审委员会秘书处根据有关规定对申请资料进行技术审查并组织开展产品质量检测和安全性评价试验。不符合要求的，可提出一次复检申请，农业农村部收到肥料登记评审委员会评审意见后，20个工作日内作出审批决定。